Em abril de 2016, um tornado atingiu a cidade de São Miguel das Missões, causando danos no Sítio Histórico de São Miguel Arcanjo. A força dos ventos se concentrou em algumas partes do sítio, como o edifício que abriga o Museu das Missões, resultando em graves danos à sua estrutura. Para recuperar a área atingida pelo desastre natural, o Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) vem realizando uma obra de recuperação do local.
O Museu das Missões teve sua cobertura fortemente comprometida, com destelhamento e deslocamento e desalinhamento de peças de madeira. Todas as esquadrias de ferro e vidro foram destruídas, danificando também algumas esculturas do acervo, assim como seu mobiliário de sustentação, instalações elétricas, de iluminação e de segurança. Ainda foram danificados os aparelhos de desumidificação existentes nas salas expositivas. A Sacristia Velha da Igreja de São Miguel Arcanjo também teve seu telhado desestruturado e calhas retorcidas, o que ocasiona a entrada das águas pluviais em dias de chuva, além de possível risco de desabamento da cobertura.
Contratada em ocasião de emergência, a obra de recuperação do Museu das Missões e Sítio Histórico de São Miguel Arcanjo (Casa do Zelador, Pavilhão Lúcio Costa e Sacristia Velha) conta com os serviços de restauração dos bens e tem previsão de finalização ao final de março de 2017. A obra, no valor de R$ 1.683.564,40, vem sendo fiscalizada pelo Iphan. Devido aos danos e consequentes trabalhos de restauro, tanto a Sacristia quanto o Museu das Missões estão atualmente fechados para visitação.
Até a presente data, já foram realizados os trabalhos de proteção do acervo de pedra, capiteis de madeira e outros elementos do Pavilhão Lucio Costa, assim como a retirada das telhas e esquadrias danificadas e limpeza geral da edificação. Parte do acervo do Pavilhão está em exposição em uma sala junto à Secretaria de Turismo, no Parque Nacional das Missões, e aberta à visitação. Na Sacristia Velha foi instalado um telhado provisório, para que o telhado danificado seja retirado sem comprometer a estrutura de madeira e forro.
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